Początki zorganizowanego społecznego ruchu ekonomistów na ziemi krakowskiej sięgają 1867 roku, kiedy to powstało Towarzystwo Prawnicze i Ekonomiczne w Krakowie mające na celu rozwijanie w wymiarze teoretycznym oraz praktycznym, obok kwestii prawnych, również nauk ekonomiczno-społecznych. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 roku ekonomiści podjęli próbę organizacyjnego wyodrębnienia się od prawników. W rezultacie tych działań w 1921 roku zostaje założone – jedno z pierwszych w niepodległej Polsce – Towarzystwo Ekonomiczne w Krakowie, działające do wybuchu II wojny światowej. Po jej zakończeniu krakowscy ekonomiści kontynuują swoją działalność społeczną już w ramach ogólnokrajowego Polskiego Towarzystwa Ekonomicznego. W Krakowie w 1946 roku utworzony zostaje jego Oddział. Działalność Towarzystwa – podobnie jak w okresie międzywojennym – obejmuje działalność naukową i popularyzatorską w dziedzinie ekonomii. Organizowane są odczyty publiczne, seminaria dyskusyjne, konferencje, kursy i szkolenia. Prowadzona jest działalność publicystyczna i wydawnicza. Towarzystwo włącza się aktywnie w procesy przemian gospodarczych zachodzących w Polsce oraz troszczy się o rozwój nowoczesnej myśli ekonomicznej. Szczególną troską obejmuje proces edukacji ekonomicznej młodego pokolenia Polaków, organizując od 1987 roku ogólnopolską Olimpiadę Wiedzy Ekonomicznej.
Pracami Towarzystwa Ekonomicznego w Krakowie, a następnie krakowskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Ekonomicznego, kierowało dotychczas dziewięciu prezesów, często stanowiących wybitne osobistości. Należeli do nich: baron Jan Götz-Okocimski (w latach 1921-1930), prof. Adam Krzyżanowski (1930-1939), prof. Witold Krzyżanowski (1946-1958), prof. Bronisław Oyrzanowski (1958-1962), prof. Józef Gajda (1962-1975), prof. Antoni Fajferek (1975-1985), doc. dr Adam Rybarski (1985-1993), prof. Stanisław Lis (1993-2001) oraz prof. Józef Machaczka (od 2001 roku). Dziś, u progu XXI wieku, przed Towarzystwem stoją nowe wyzwania wynikające z konieczności dostosowania polskiej gospodarki i społeczeństwa do wymagań epoki cywilizacji informacyjnej.